宋元稱(chēng)石弄山，宋乾道《四明圖經(jīng)》卷七：“石弄山，在縣東北九百五十里，山石玲瓏，東西相懸，人可出入�！彼螌殤c《四明志》卷二十：“石弄山，在東北；山石玲瓏，故以名。”明萬(wàn)歷《兩浙海防類(lèi)考續(xù)編》卷一載為“花腦山”，清代改稱(chēng)花鳥(niǎo)。
現(xiàn)當(dāng)?shù)孛癖娙远嗨追Q(chēng)花腦。
清康熙二十七年（1688）屬定�？h蓬萊鄉(xiāng)。
二十九年（1690）劃歸江蘇省崇明縣。
1934年與東、西綠華島合置花洛鄉(xiāng)。
1950年11月析置花鳥(niǎo)鄉(xiāng)。
以主島花鳥(niǎo)山島得名。
1956年3月與洛華鄉(xiāng)復(fù)置花洛鄉(xiāng)。
是年9月復(fù)析為花鳥(niǎo)鄉(xiāng)。
1958年為嵊泗人民公社花鳥(niǎo)生產(chǎn)大隊(duì)。
1962年建花鳥(niǎo)人民公社。
1984年復(fù)為鄉(xiāng)。