元大德《昌國州圖志》卷二載為“泗頭岙”。
明萬歷《兩浙海防類考續(xù)編》卷一載為“梳頭（岙）”。
清康熙《定�？h志•防海記說》：“蘇竇有大澳，然亦不利東南�！鼻迩 端蠲骺h志》卷一載為“梭頭（岙）”。
以鎮(zhèn)區(qū)東北側有形如梭尖的岬角而得名。
泗頭、梳頭、蘇竇均為梭頭諧音異寫。
泗礁山島的曾用名梳頭山、蘇竇山，即以此派生得名。
清光緒年間開始出現(xiàn)“菜園岙”名稱。
1918年1：5萬地形圖《馬跡山》載為“菜園村”。
1924年《崇明縣志》卷二載為“大小菜園（岙）”。
1934年3月置菜園鎮(zhèn)，屬崇明縣第五區(qū)。
以駐地得名。
1949年屬嵊泗縣。
1950年7月基湖村劃入。
1953年12月分設基湖鄉(xiāng)。
1956年4月基湖鄉(xiāng)并入。
1958年改為菜園生產(chǎn)大隊。
1962年復設鎮(zhèn)。
1992年6月青沙鄉(xiāng)并入。
2001年1月，馬關鎮(zhèn)和金平、綠華2鄉(xiāng)并入。