原垟邊、余坑村解放初屬瀛濱鄉(xiāng)，1952至1958年屬洋溪鄉(xiāng)；原溪斗村解放初屬瀛濱鄉(xiāng)，1952年屬坑石鄉(xiāng)，1956年屬洋溪鄉(xiāng)。
1958年洋邊村建立洋邊生產(chǎn)隊，余坑村為可溪生產(chǎn)隊一部分，溪斗村建立溪斗生產(chǎn)隊，均屬大安公社洋溪生產(chǎn)大隊；1959年2月起屬大安公社洋溪管理區(qū)；1961年9月改為洋邊、余坑（從可溪生產(chǎn)隊析建）、溪斗生產(chǎn)大隊，屬洋溪公社。
1984年5月改為垟邊、余坑、溪斗行政村，屬垟溪鄉(xiāng)。
該3村1992年重新被認定為革命老區(qū)村。
1992年重新認定革命老區(qū)，原垟邊、余坑、溪斗3村均被認定為革命老區(qū)村。
2004年原垟邊、余坑、溪斗3村和大山村的王坎下自然村合并組建垟邊村，屬垟溪鄉(xiāng)。
2011年4月垟溪鄉(xiāng)撤銷，并入三魁鎮(zhèn)。