慶元縣歷史悠久,《禹貢》為“揚州之域”，周為七閩地，春秋時為吳越東平鄉(xiāng)，秦、漢因之。
唐乾元二年（759）龍泉置縣，為龍泉縣松源鄉(xiāng)。
五代時王審知據(jù)閩，奪松源鄉(xiāng)之半建松源鎮(zhèn)，屬建州；錢镠將留下部分仍稱松源鄉(xiāng)，歸屬沿舊。
到南宋慶元三年（1197）年事，吏扣侍郎胡纮奏請以所居之松源鄉(xiāng)置縣，獲準，因以年號為縣名，乃慶元縣之始。
明洪武三年（1370）慶元縣省，置巡檢司，治查田；洪武十三年（1380）復(fù)置，仍屬處州。
清沿之。
1914年屬甌海道（溫州）。
1935年屬第九、第七行政督察區(qū)（麗水）。
1949年5月17日慶元和平解放，同年7月成立縣人民政府，屬麗水專區(qū)。
1952年改屬溫州專區(qū)。
1958年11月撤縣，并入龍泉；1973年7月國務(wù)院批準恢復(fù)縣制，1975年8月正式開始辦公，屬麗水地區(qū)。
自建縣迄今，凡791年。
1992年慶元縣進行鄉(xiāng)鎮(zhèn)撤擴并，將全縣7區(qū)4鎮(zhèn)34個鄉(xiāng)并為6個鎮(zhèn)，2010年，撤。