北宋時聚民日增，村落規(guī)模初具，因?yàn)l潯溪（今東、西市河）得名。
南宋潯溪之南商賈云集，屋宇林立，遂稱南林。
南宋理宗淳祐十二年（1252）建鎮(zhèn)，取“南林”“潯溪”二村名首字，合稱“南潯”，設(shè)鎮(zhèn)官管理。
其時，“南林一聚落耳，而耕桑之富甲于浙右，土潤物豐，民信而俗阜，行商坐賈之所萃”。
俗仍有以“潯溪”“南林”為鎮(zhèn)名。
中國人民共和國成立后，1953年成立南潯鎮(zhèn)人民委員會，1959年建南潯鎮(zhèn)人民政府，1986年北里鄉(xiāng)并入南潯鎮(zhèn)，1999年10月，原東遷鎮(zhèn)、馬腰鎮(zhèn)、橫街鎮(zhèn)、三長鄉(xiāng)合并為現(xiàn)在的南潯鎮(zhèn)。
2020年調(diào)整南潯鎮(zhèn)行政區(qū)劃，將南林、朱塢、遼西3個社區(qū)，東遷、鎮(zhèn)北2個居民區(qū)，江蔣漾、寶山、戴家橋、直港巷、馬嘶、洋南、庠上、方丈港、祜村、東上林、同心、東遷、圣駕橋、英雄、富強(qiáng)、潯北、李家河、丁家港、聯(lián)誼、堰四、朱塢、遼西等22個行政村劃出，改由湖州市南潯區(qū)政府直轄。
調(diào)整后，南潯鎮(zhèn)轄11個社區(qū)、1個居民區(qū)、30個行政村。