明嘉靖元年（1522）分屬崇泰鄉(xiāng)六都、七都及帆游鄉(xiāng)二都、三都。
1931年分屬第一區(qū)仙巖鄉(xiāng)、巖潭鄉(xiāng)。
1935年屬仙潭鄉(xiāng)。
1946年與羅南鄉(xiāng)合并設(shè)羅陽鄉(xiāng)。
1949年析置仙巖鄉(xiāng)。
1956年2月改設(shè)仙巖大鄉(xiāng)，是仙巖區(qū)區(qū)公所駐地。
1958年改為仙巖管理區(qū)。
1961年改設(shè)仙巖公社。
1984年復為仙巖鄉(xiāng)。
1986年12月設(shè)仙巖鎮(zhèn)。
1992年6月梓岙鄉(xiāng)沈岙、橫坑、竹溪、花臺、大嶺、李山、星光（曾稱莘田）、鳳池8個村并入仙巖鎮(zhèn)。
2001年8月仙巖鎮(zhèn)由瑞安市劃歸甌海區(qū)。
2011年3月改設(shè)仙巖街道。