1949年屬三港鄉(xiāng)；同年7月撤鄉(xiāng)建區(qū)屬遞鋪區(qū)，稱余墩村；1950年春屬雙港鄉(xiāng)；1956年2月屬雙建鄉(xiāng)；1956年冬，由晨光、余一、余豐三個(gè)初級(jí)社全合建和平高級(jí)社；1958年9月屬遞鋪公社雙港管理區(qū)，稱和平生產(chǎn)隊(duì)；1961年8月屬雙建公社，稱和平大隊(duì)；1981年3月，更名為余墩大隊(duì)；1981年11月改稱鳳凰山公社余墩大隊(duì)；1984年1月稱鳳凰山鄉(xiāng)余墩村。
1995年并鄉(xiāng)擴(kuò)鎮(zhèn)時(shí)劃入遞鋪鎮(zhèn)，仍稱余墩村，2001年村改居為余墩社區(qū)。
2014年屬昌碩街道。