“十二邦”時(shí)期，桑日地區(qū)屬“沃普邦喀”轄區(qū)，其中心位置在桑日縣白堆鄉(xiāng)一帶。
6世紀(jì)中葉，雅礱悉補(bǔ)野第30代贊普達(dá)布年塞任內(nèi)將其收歸治下。
吐蕃時(shí)期，桑日地方屬約茹轄區(qū)。
9世紀(jì)中葉后，吐蕃陷入分裂割據(jù)，威宋君王之孫維德一族在雅礱恰薩（今曲松）修建拉加里寺，形成“雅礱覺臥王系”，桑日在其轄區(qū)之內(nèi)。
13世紀(jì)中葉，元朝及薩迦政權(quán)時(shí)期，桑日全境屬帕竹萬戶管轄。
14世紀(jì)中葉，帕木竹巴派取得統(tǒng)治全藏之權(quán)，建立帕木竹巴政權(quán)，在桑日設(shè)“沃卡達(dá)孜宗”，成為西藏最早設(shè)立的13個(gè)大宗之一，并設(shè)恰嘎谿。
清康熙十八（1679年，藏歷第十一饒迥土羊年），嘎丹頗章政權(quán)在此境內(nèi)設(shè)立沃卡宗和桑日宗。
自10世紀(jì)中葉至西藏和平解放，歷代王朝和西藏地方政府在桑日雖有政區(qū)設(shè)置，但實(shí)質(zhì)則由“拉加里法王”承襲管轄。
1959年4月，自治區(qū)籌委設(shè)桑日縣人民政府。
1960年1月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷沃卡宗、桑日谿，設(shè)立桑日縣，屬山南專區(qū)。
2016年1月，國(guó)務(wù)院下達(dá)《關(guān)于同意西藏自治區(qū)撤銷山南地區(qū)設(shè)立地級(jí)山南市的批復(fù)》（國(guó)函〔2016〕8號(hào)），桑日縣屬山南市管轄。