元至元十七年（1280），設(shè)朵甘思宣慰使司都元帥府，治所在今貢覺縣莫洛鎮(zhèn)。
明朝將朵甘思宣慰使司都元帥府改為朵甘衛(wèi)指揮使司。
在貢覺縣境內(nèi)設(shè)有乃竹萬(wàn)戶府。
崇禎十二年（1639），蒙古和碩特部固始汗的部隊(duì)占據(jù)貢覺，設(shè)立臺(tái)吉，十五年，甘丹頗章政權(quán)建立后，在貢覺推行宗溪制度，設(shè)立館覺宗。
清雍正四年（1726），清廷組織川、滇、藏三方以寧?kù)o山為界，館覺歸甘丹頗章政權(quán)管轄。
乾隆十六年（1751），清廷將館覺劃歸駐藏大臣直接管轄。
宣統(tǒng)二年（1910），改土歸流，將館覺宗改為貢縣，隸屬昌都府。
同年冬，設(shè)武城縣。
1912年，川軍進(jìn)駐貢縣、武城縣，并將兩縣劃入川邊特別行政區(qū)。
1917年，藏軍占領(lǐng)貢覺地區(qū)，西藏地方政府將武城縣改設(shè)為三巖宗。
1918年，朵麥基巧成立后，將貢縣改為貢覺宗，歸朵麥基巧。
1928年，民國(guó)政府在今四川巴塘設(shè)西康政務(wù)委員會(huì)，將貢縣、武城縣劃入西康政務(wù)委員會(huì)。
1939年，成立西康省，將貢縣、武城縣劃入西康省。
1950年12月，貢覺宗、三巖宗隸屬昌都地區(qū)人民解放委員會(huì)。
1959年4月，撤銷貢覺、三巖宗人民解放委員會(huì)，解散宗政府，成立軍事管制委員會(huì)。
1959年7月，將三巖宗的戈波、支巴、南格、擦拉地方劃歸寧?kù)o宗；其他并入貢覺宗。
1960年1月，國(guó)務(wù)院正式批準(zhǔn)，撤銷貢覺、三巖宗，合并設(shè)置貢覺縣，隸屬昌都專區(qū)。
2014年10月，撤銷昌都地區(qū)，設(shè)立地級(jí)昌都市，貢覺縣隸屬昌都市。