明代時期，帕竹地方政權(quán)在乃瓊鎮(zhèn)始設(shè)覺木隆寺。
清代時期，噶廈在該鎮(zhèn)設(shè)有37個谿卡。
1959年3月，設(shè)崗德林、乃瓊、色瑪、加熱、加木、波瑪6個鄉(xiāng)農(nóng)民協(xié)會；同年11月，成立乃瓊區(qū)。
1961年6月，改6鄉(xiāng)農(nóng)民協(xié)會為鄉(xiāng)1968年7月，改6鄉(xiāng)為公社。
1969年10月，改乃瓊區(qū)人民政府為乃瓊區(qū)公所。
1987年5月，改稱乃瓊區(qū)人民政府；同年11月，將該鄉(xiāng)分設(shè)為乃瓊、加熱2鄉(xiāng)。
1993年5月，2鄉(xiāng)合并成立乃瓊鎮(zhèn)。
2019年，撤鎮(zhèn)設(shè)街道。