西漢時(shí)為扜彌國，西域三十六國之一。
神爵三年（前59）隸西域都護(hù)府。
東漢時(shí)歸西域長(zhǎng)史府管轄。
東漢末年，扜彌國被于闐國（今和田）吞并，扜彌國改稱寧彌。
唐設(shè)毗沙都督府。
北宋屬喀喇汗王朝，南宋屬西遼。
元隸斡端宣慰司元帥府。
清乾隆二十四年（1759）置四品阿奇木伯克，隸和闐辦事大臣。
光緒八年（1882），在喀拉喀什城（今墨玉縣）建于闐縣，時(shí)轄洛浦、策勒、民豐、且末。
光緒十一年（1885）于闐縣從喀拉喀什城東遷移治克里雅，即今于田縣城。
1920年屬和闐道。
1928年屬和闐行政區(qū)。
1939年，于闐屬和闐行政長(zhǎng)公署管轄。
1950年屬和闐專區(qū)專員公署。
1959年于闐縣簡(jiǎn)寫為于田縣。