古代曾為塞人、烏孫人、突厥人、回鶻人、蒙古人等游牧民族棲居之地。
漢屬西域都護府轄治。
清代為蒙古族厄魯特營下五旗游牧地，直隸于伊犁將軍府。
清乾隆三十年（1765），設(shè)厄魯特領(lǐng)隊大臣；光緒十四年（1888），置綏定和寧遠二縣，鞏留劃為寧遠縣境。
1932年3月24日，鞏留正式建縣，隸屬伊犁行政區(qū)。
1940年9月，全縣劃為5個區(qū)，有莫乎爾區(qū)、伊勒格代區(qū)、縣城區(qū)、察布查爾區(qū)、哈什圩孜區(qū)。
1950年，隸屬伊犁專區(qū)，全縣下設(shè)3區(qū)、17鄉(xiāng)。
1954年，分為4個區(qū)，隸屬伊犁哈薩克自治州。
1958年，全縣轄4個公社，下設(shè)19個生產(chǎn)大隊。
1963年，全縣轄7個公社、22個生產(chǎn)大隊。
1981年全縣設(shè)1鎮(zhèn)6社，1984年社改為鄉(xiāng)，轄1個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)、5個國營農(nóng)牧場，設(shè)有42個村民委員會和6個居民委員會。
2015年，經(jīng)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)工作以來，，全縣5個鎮(zhèn)、3個鄉(xiāng)、5個場。