解放前屬綏靖鄉(xiāng)第10保。
1950年改名第10村。
1952年劃歸靖華鄉(xiāng)（后改靖遠(yuǎn)鄉(xiāng)）。
1953年屬靖和鄉(xiāng)。
1958年建立花祠大隊(duì)，屬龍會(huì)鄉(xiāng)人民公社靖和管區(qū)。
1961年屬靖和鄉(xiāng)人民公社。
1968年屬靖和公社。
1978年屬華場(chǎng)公社靖和片。
1980年又屬靖和公社。
1984年更名花祠村，屬靖和鄉(xiāng)。
1991年花埝村并入，名稱仍舊。
1992年改隸靖和鎮(zhèn)。
2019年行政區(qū)劃調(diào)整改革，靖和鎮(zhèn)并入東聯(lián)鎮(zhèn)，歸屬東聯(lián)鎮(zhèn)管轄，2020年村級(jí)建制調(diào)整花祠村與三望村合并東聯(lián)鎮(zhèn)花祠村，并沿用至今。