1949年屬馬井鄉(xiāng)第10保、第13保、第14保，1950年屬馬井鄉(xiāng)農(nóng)協(xié)會第10分會、第13分會、第14分會；1952年土改建政時，成立義馬鄉(xiāng)人民政府，為義馬鄉(xiāng)第10村、第13村、第14村；1956年義馬鄉(xiāng)并入馬井鄉(xiāng)，為第1村、第11村、第13村；1958年馬井人民公社成立時，為馬井人民公社第11耕作區(qū)、第13耕作區(qū)；1961年體制下放時為馬井公社第10生產(chǎn)大隊、第12生產(chǎn)大隊、第13生產(chǎn)大隊；1977年從原10大隊（今菠蘿村），12大隊（今太平村）析出組建馬井農(nóng)科站。
1980年地名普查時命名為菠蘿大隊、太平大隊、紅豆大隊、農(nóng)科大隊；1983年改公社為鄉(xiāng)，大隊為村，命名為菠蘿村、太平村、紅豆村、農(nóng)科村；1988年11月馬井撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，屬馬井鎮(zhèn)。
2007年8月由菠蘿村、農(nóng)科村、太平村、紅豆村合并為菠蘿村至今。