雍正七年筑城于古扶州城南的南坪壩（即今縣城所在地），始稱南坪，為松潘縣廳南坪營。
民國初為松潘縣的分縣，1936年改為松潘縣第二區(qū)。
1949年解放，解放初仍為松潘縣第二區(qū)，1953年建南坪縣，1959年并入松潘縣為中心區(qū)，1963年復(fù)置南坪縣。
1997年12月15日，民政部（民行批[1997]27號）批復(fù)同意南坪縣更名為九寨溝縣；1998年2月13日四川省人民政府（川府民政[1998]2號）批復(fù)同意更名。