北朝西魏置蒲亭縣，屬陵州。
隋開皇十一年（591），廢蒲亭置井研縣，屬隆山郡。
北宋咸平四年（1001），始建縣并入。
元至元二十年（1283），并入仁壽縣，隸屬成都路。
明洪武六年（1373），恢復井研縣。
清順治初歸資州，屬成都府。
1913年，井研縣屬下川南道。
1914年，改屬永寧道。
1935年，屬第二行政督察區(qū)。
1950年，劃歸川南行署樂山專區(qū)。
1968年，屬樂山地區(qū)。
1985年5月，撤銷樂山地區(qū)改置為地級樂山市，井研縣隸屬樂山市。