1945年至建國初屬水清鄉(xiāng)轄。
1958年水清鄉(xiāng)并置為上游公社，金山洞大隊屬上游公社轄。
1962年復水清公社，金山洞大隊屬水清公社轄。
1978年水清公社并入鐵清公社，金山洞大隊屬鐵清公社轄。
1980年復水清公社，金山洞大隊屬水清公社轄。
1984年撤社設鄉(xiāng)，水清公社改水清鄉(xiāng)，金山洞村屬水清鄉(xiāng)轄。
1992年撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，水清鄉(xiāng)改水清鎮(zhèn)，金山洞村屬水清鎮(zhèn)轄。
2019年鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃和村級建制調整改革，撤銷水清鎮(zhèn)，將其所屬行政區(qū)域劃歸四面山鎮(zhèn)管轄，撤銷代灣村，以原金山洞村、原代灣村所轄范圍合并設立金山洞村，屬四面山鎮(zhèn)轄。