明《太原縣志》稱小店堡，清稱小店鎮(zhèn)屬東橋北部，民國元年（1912年）屬太原縣東北區(qū)，七年（1918年）屬太原二區(qū)為主村，二十七年屬清太徐抗日民主政府太二區(qū)，三十一年（1942年）日偽稱晉泉縣小店區(qū)二區(qū)公所駐地，三十四年（1945年）屬太原縣民主政府太二區(qū)，同期國民黨太原縣政府復(fù)原，建制設(shè)小店治村，1948年屬太原縣人民政府二區(qū)為駐地，1949年5月屬晉源縣二區(qū)為行政村，1951年屬太原市第四區(qū)，1953年屬太原市第七區(qū)為小店鄉(xiāng)，1956年屬小店讀建“火炬”高級(jí)社，1957年屬郊區(qū)，1958年屬郊區(qū)小店公社為大隊(duì)，1960年屬小店管理區(qū)，1970年屬南郊區(qū)小店公社，1984年5月9日屬小店鎮(zhèn)，成立村委會(huì)。
1998年屬小店區(qū)，2013年6月改制為小店社區(qū)，2014年6月29日小店村更名為小店社區(qū)。