1949年屬牛塔行政村，1953年屬韓村鄉(xiāng)，1955年屬城郊鄉(xiāng)，1956年屬城關鄉(xiāng)，1958年屬城關公社城關鄉(xiāng)。
1959年屬城關管理區(qū)。
1963年屬城關人民公社大石頭生產大隊。
1978年寺院從大石頭生產大隊分出，成為寺院生產大隊。
1984年7月，實行政社分開，城關人民公社寺院生產大隊改為城關鎮(zhèn)寺院村民委員會。
2001年3月，撤并鄉(xiāng)鎮(zhèn)，城關鎮(zhèn)、張馬鄉(xiāng)合并改稱昌寧鎮(zhèn)，成為昌寧鎮(zhèn)寺院村民委員會并沿用至今。