1962年偏關(guān)縣設(shè)15個人民公社，南堡子生產(chǎn)大隊隸屬于南堡子公社。
1984年9月，偏關(guān)縣撤銷人民公社，建立鄉(xiāng)鎮(zhèn)人民政府，生產(chǎn)大隊改為行政村，南堡子生產(chǎn)大隊改名南堡子村民委員會。
2001年偏關(guān)縣并為10個鄉(xiāng)鎮(zhèn)，南堡子村民委員會隸屬于南堡子鄉(xiāng)。
2020年5月，全縣“并村簡干”，撤銷黑家莊村民委員會，并入南堡子村民委員會。
2021年1月，偏關(guān)縣撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)，撤銷南堡子鄉(xiāng)和尚峪鄉(xiāng)，合并設(shè)立尚峪鎮(zhèn)，南堡子村民委員會隸屬于尚峪鎮(zhèn)。