萬祥成陸于清代中葉，初為鹽場。
1949年5月南匯解放，南匯縣人民政府下設(shè)6個辦事處，萬祥地屬第六鄉(xiāng)鎮(zhèn)聯(lián)合辦事區(qū)管轄。
1955年9月南匯縣撤區(qū)并鄉(xiāng)，萬祥地區(qū)歸金陵、新港、書院3鄉(xiāng)。
1958年3月南匯縣劃歸上海市，9月實行政社合一，萬祥地區(qū)、書院地區(qū)合并成立書院人民公社。
1959年6月萬祥地區(qū)從書院人民公社中析出，獨立建置成立萬祥人民公社，駐萬祥路47號。
至1962年下轄15個生產(chǎn)大隊。
1984年4月實施政社分設(shè)，建立萬祥鄉(xiāng)，下轄15個行政村。
1991年1月20日萬祥集鎮(zhèn)所屬區(qū)域建立居民委員會。
1995年7月13日撤銷萬祥鄉(xiāng)建制，建立萬祥鎮(zhèn)，下轄15個行政村（150個村民組），1個居民委員會（4個居民小組）。
2001年1月撤銷南匯縣設(shè)立南匯區(qū)，萬祥鎮(zhèn)屬南匯區(qū)。
2002年3月至5月調(diào)整村級區(qū)劃。
2003年被劃入臨港新城區(qū)版圖內(nèi)。
2009年4月撤銷南匯區(qū)，并入浦東新區(qū)，隸浦東新區(qū)。