夏商周時，屬鄫國，始置蘭陵縣。
唐貞觀初年，廢蘭陵縣置氶縣，底閣即為氶縣轄地。
明初，嶧州降為縣，屬濟寧府，后改屬兗州府，底閣屬沂州石城鄉(xiāng)干期社。
清乾嘉年間，編行保甲，改社為保，干期社改為底閣保，領48個村。
清宣統(tǒng)元年（1909年），蘭山縣劃分15個鄉(xiāng)區(qū)，底閣保屬蘭陵鄉(xiāng)區(qū)。
1913年沂州府撤銷，蘭山縣改為臨沂縣，底閣保仍屬蘭陵鄉(xiāng)區(qū)。
1930年，全縣并15鄉(xiāng)區(qū)為8個區(qū)，并改保為鄉(xiāng)鎮(zhèn)，底閣保改為底閣鄉(xiāng)，屬臨沂縣蘭陵第八區(qū)。
1943年6月建立蘭陵縣，底閣隸屬蘭陵縣第七區(qū)。
1945年5月全區(qū)解放，區(qū)駐地設埠東店轄區(qū)范圍以原甘露鄉(xiāng)的甘露溝、岳城二保為中心，底閣保南去馬莊、荀莊等三村。
區(qū)駐地于1951年移駐魏樓村，下置底閣、晁村、甘期寺等十個鄉(xiāng)。
1955年9月，第十二區(qū)改為底閣區(qū)。
1956年8月，撤區(qū)為鄉(xiāng)。
底閣區(qū)的晁村、甘期寺、運卜屯、圪塔埠、底閣五鄉(xiāng)合為底閣鄉(xiāng)，鄉(xiāng)政府駐底閣。
同年12月又恢復底閣區(qū)。
1958年3月，全縣撤區(qū)并鄉(xiāng)撤底閣區(qū)改為鄉(xiāng)。
同年9月撤鄉(xiāng)建立人民公社，底閣并入峨山人民公社。
1984年4月建鎮(zhèn)。
2001年鄉(xiāng)鎮(zhèn)合并，原甘露溝鄉(xiāng)并入底閣鎮(zhèn)至今。