昌邑縣公元前721年（魯隱公二年）為莒國(guó)密邑及紀(jì)國(guó)地。
公元前693年（魯莊公元年），并入齊國(guó)，春秋齊景公時(shí)，為邶殿邑。
戰(zhàn)國(guó)時(shí)，為齊國(guó)都昌邑。
至隋朝，均稱(chēng)都昌。
公元627年（唐貞觀(guān)元年），廢都昌，入北海縣。
公元962年（宋建隆三年）復(fù)置都昌，改稱(chēng)昌邑。
明洪武二十二年（1390年），昌邑縣置鄉(xiāng)社制，轄四隅四鄉(xiāng)八十九社，四隅皆在城廓，四鄉(xiāng)均在城外。
石埠鎮(zhèn)分屬崇德鄉(xiāng)的辛興社、宋莊社和仁義鄉(xiāng)的豐臺(tái)社、宿臺(tái)社及金臺(tái)社。
民國(guó)十七年（1928年），昌邑縣廢鄉(xiāng)社制，實(shí)行區(qū)鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）制，以數(shù)字為序改劃為10個(gè)區(qū)，轄112個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
石埠鎮(zhèn)境屬第六區(qū)轄，設(shè)有石埠鎮(zhèn)、柳杭鎮(zhèn)、金臺(tái)鎮(zhèn)、晴埠鄉(xiāng)、葛莊鄉(xiāng)、薛莊鄉(xiāng)、仙臺(tái)鄉(xiāng)。
1959年屬昌南縣第三區(qū)，1955年改稱(chēng)石埠區(qū)。
1956年昌南縣并入昌邑縣，劃為青山區(qū)。
1958年2月為石埠鄉(xiāng)，同年9月石埠、流河兩鄉(xiāng)合并，成立石埠人民公社。
1964年2月又分設(shè)石埠、流河兩個(gè)公社。
1983年5月改為石埠鄉(xiāng)。
1984年3月設(shè)置石埠鎮(zhèn)。
2001年3月流河鄉(xiāng)并入石埠鎮(zhèn)，2007年8月并入飲馬鎮(zhèn)，2010年1月從飲馬鎮(zhèn)分開(kāi)成立石埠經(jīng)濟(jì)發(fā)展區(qū)。