宋代時期，境域?qū)倥钊R縣沙門寨地。
元、明時期，屬蓬萊縣沙門社。
清末時期，始有南、北長山之分。
清道光年間（1821年—1850年），在北長山島上設(shè)北城社和店子社。
民國十七年（1928年），分設(shè)北城、店子2社。
民國二十三年（1934年），改設(shè)為北城鄉(xiāng)和北店鄉(xiāng)。
民國三十四年（1945年），屬廟島區(qū)；同年11月，改屬玉石區(qū)。
民國三十五年（1946年），重歸廟島區(qū)。
民國三十七年（1948年），在北長山建率真鄉(xiāng)。
1949年，設(shè)廟島鄉(xiāng)。
1958年11月，長島縣并入蓬萊縣，為長島公社廟島大隊。
1963年6月，復(fù)置長島縣，改設(shè)北長山公社。
1984年，撤公社設(shè)北長山鄉(xiāng)。
2000年12月，廟島鄉(xiāng)并入，改設(shè)北長山區(qū)公所。
2003年2月，改設(shè)北長山鄉(xiāng)。