西夏，設(shè)沒煙后峽（今鄭旗鄉(xiāng)撒臺村）。
北宋，改為蕩羌寨，隸屬西安州，后改隸懷德軍（治今原州區(qū)三營鎮(zhèn)黃鐸堡村古城）。
金時，屬鎮(zhèn)戎州（治今固原市）。
元時，先后屬鞏昌府路鎮(zhèn)原州（治今甘肅鎮(zhèn)原）和開城府路開城縣。
明時，設(shè)鄭旗營，隸屬西安州守御千戶所。
清時，設(shè)鄭旗堡，先后隸屬平?jīng)龈}茶廳（治今寧夏海原）和固原直隸州海城縣。
民國時，海原縣設(shè)正氣鎮(zhèn)。
民國三十八年（1949年）8月，境內(nèi)設(shè)鄭旗、西沿鄉(xiāng)，隸屬于李旺區(qū)。
1952年10月，增設(shè)鄭旗區(qū)（第七區(qū)），轄鄭旗、撒臺、吳灣、西沿、楊灣、雙河、王塘、賈塘8個鄉(xiāng)；同年8月，改轄鄭旗、撒臺、吳灣、徐坪、馬營、曹洼6個鄉(xiāng)。
1958年10月，撤銷區(qū)鄉(xiāng)建制，境內(nèi)設(shè)立鄭旗、西沿公社。
1959年5月，西沿公社撤銷，并入鄭旗公社。
1984年1月，由鄭旗公社改為鄭旗鄉(xiāng)。