“庫(kù)倫”系蒙古語(yǔ)，意為家園或圈起來(lái)的占地領(lǐng)域。
庫(kù)倫旗歷史悠久，五六千年前就曾有人類在此繁衍生息。
春秋戰(zhàn)國(guó)時(shí)期至金代，先后有東胡、烏桓、鮮卑、契丹、女真等北方少數(shù)民族在此征戰(zhàn)游牧。
元朝時(shí)期，屬中書(shū)省。
明朝初期，屬大寧衛(wèi)。
明朝末期，先后屬察哈爾、內(nèi)喀爾喀部。
明崇禎六年（1633年），西藏高僧阿升希日巴喇嘛傳教至此，劃定疆界為其領(lǐng)地，稱曼殊希利庫(kù)倫，顧得名。
清順治三年（1646年），建錫勒?qǐng)D庫(kù)倫札薩克達(dá)喇嘛旗，為漠南蒙古（即內(nèi)蒙古）地區(qū)唯一實(shí)行政教合一體制的旗，歷時(shí)近300年。
民國(guó)二十年（1931年），政教分治，錫埒圖庫(kù)倫扎薩克達(dá)喇嘛旗改稱庫(kù)倫旗。
民國(guó)三十五年（1946年）3月，隸屬遼西省第一專員公署。
民國(guó)三十五年（1946年）9月，屬遼吉省第一專員公署。
民國(guó)三十六年（1947年）10月，屬遼吉省第五專員公署。
民國(guó)三十七年（1948年）9月，屬遼北省哲里木盟政府。
民國(guó)三十八年（1949年）5月，屬內(nèi)蒙古自治區(qū)哲里木盟政府。
1949年10月，屬內(nèi)蒙古自治區(qū)哲里木盟。
1969年7月，隨哲里木盟劃歸吉林省。
1979年7月，隨哲里木盟劃復(fù)歸內(nèi)蒙古自治區(qū)。
1999年1月，國(guó)務(wù)院決定撤銷哲里木盟建制，設(shè)立地級(jí)通遼市，庫(kù)倫旗隸屬通遼市管轄。