舊石器時(shí)代，回民區(qū)境內(nèi)就有人類活動(dòng)。
舜時(shí)期，回民區(qū)與呼和浩特其他地區(qū)稱“并州徼外”，當(dāng)時(shí)為葷粥族所居地。
夏、商、周時(shí)期，呼和浩特地區(qū)或稱“并州徼外”、或稱“冀州徼外”。
戰(zhàn)國(guó)時(shí)期，趙武靈王征服居于今呼和浩特地區(qū)的少數(shù)民族“林胡”和“樓煩”，在陰山（大青山）山脈南麓置云中郡（今托克托縣古城村），回民區(qū)屬云中郡領(lǐng)地。
秦朝時(shí)期，設(shè)36個(gè)郡，原趙國(guó)的云中郡仍為一郡，管理今呼和浩特大部地區(qū)，回民區(qū)屬云中郡轄地。
西漢初期，呼和浩特部分地區(qū)仍稱云中郡，回民區(qū)屬之。
東漢末年，鮮卑拓拔部占據(jù)呼和浩特地區(qū)，后拓拔部建立北魏，回民區(qū)屬盛樂城管轄，后將盛樂都城安置歸順于魏的敕勒族，故呼和浩特地區(qū)有“敕勒川”之稱，回民區(qū)在敕勒川地界內(nèi)。
南北朝時(shí)期，呼和浩特地區(qū)曾是突厥族居地。
隋朝時(shí)期，呼和浩特地區(qū)設(shè)榆林關(guān)總管府，不久又改為云州總管府。
大業(yè)元年（605年），改云州為定襄郡，回民區(qū)為定襄郡轄地。
唐朝時(shí)期，先后在呼和浩特地區(qū)設(shè)云中都護(hù)府，又稱單于都護(hù)府，后又改置為東受降城，回民區(qū)為其屬地。
五代十國(guó)時(shí)期，契丹族占據(jù)呼和浩特地區(qū)。
遼天祿元年（947年），設(shè)置豐州（城址今白塔村北），回民區(qū)為豐州屬地，屬云中州西京道（治所在今山西大同）管轄。
金收國(guó)元年（1115年），改西京道為西京路，今呼和浩特地區(qū)仍稱豐州。
后將豐州改稱天德總管府，回民區(qū)屬之。
元朝時(shí)期，沿金制，今呼和浩特地區(qū)仍稱西京路豐州，隸屬中書省大同路管轄，今回民區(qū)為豐州轄區(qū)。
明朝初期，在長(zhǎng)城以北設(shè)置五衛(wèi)，回民區(qū)屬豐州衛(wèi)屬地。
正統(tǒng)年間，放棄長(zhǎng)城以北軍事設(shè)置，呼和浩特地區(qū)成為蒙古土默特部駐牧地，回民區(qū)為土默川之中的一部分。
萬歷三年（1575年），城垣建成，賜名“歸化城”，今回民區(qū)為歸化城屬地。
后金天聰八年（1634年），后金統(tǒng)一內(nèi)蒙古各部，把居于呼和浩特地區(qū)的土默特部分為左右兩翼，設(shè)左右翼都統(tǒng)管理，回民區(qū)為左翼轄地。
清康熙三十二年（1693年），設(shè)安北將軍，駐歸化城，專管歸化城都統(tǒng)﹑副都統(tǒng)及訓(xùn)練官民等事。
雍正元年（1723年），將歸化城軍政、民政分設(shè)，歸化城土默特副都統(tǒng)只管蒙古族民政和軍事，設(shè)歸化城理事同知專管民政，對(duì)漢、回等民族進(jìn)行管理，隸山西大同府。
雍正七年（1729年），歸化城理事同知改屬山西朔平府。
乾隆六年（1741年），在歸化城設(shè)歸綏道，隸屬山西巡撫，管轄歸化、綏遠(yuǎn)、托克托、和林格爾、清水河、薩拉齊六廳，今回民區(qū)屬歸化廳管轄范圍。
民國(guó)元年（1912年），廢道、廳，改歸綏道為觀察使公署，歸化廳改稱歸化縣。
民國(guó)二年（1913年），撤銷歸綏道觀察使；同年，撤銷新城的糧餉理事同知廳（原綏遠(yuǎn)糧餉廳），并將綏遠(yuǎn)、歸化新舊二城正式合并稱歸綏縣。
民國(guó)三年（1914年），設(shè)立綏遠(yuǎn)特別行政區(qū)。
民國(guó)四年（1915年），設(shè)綏遠(yuǎn)道，管轄行政區(qū)內(nèi)的8個(gè)縣；同年7月，廢除綏遠(yuǎn)道，改為綏遠(yuǎn)民政廳，恢復(fù)都統(tǒng)，下設(shè)軍政、民政廳建置；同年9月，改綏遠(yuǎn)特別行政區(qū)都統(tǒng)公署為綏遠(yuǎn)省臨時(shí)區(qū)政府。
民國(guó)十八年（1929年），綏遠(yuǎn)省成立，并將歸綏縣定為省會(huì)（一級(jí)縣），下設(shè)4個(gè)區(qū)，今回民區(qū)在第一區(qū)所轄范圍內(nèi)。
民國(guó)二十六年（1937年），成立偽蒙古聯(lián)盟自治政府，歸綏城區(qū)改稱厚和豪特市。
民國(guó)二十七年（1938年）1月，歸綏縣改稱巴彥縣；同年8月，撤銷巴彥縣，與市區(qū)合并，通稱厚和特別市。
民國(guó)二十八年（1939年），更名厚和市，在厚和市城區(qū)設(shè)6個(gè)鎮(zhèn)，舊城設(shè)4個(gè)鎮(zhèn)，今回民區(qū)在第四鎮(zhèn)范圍內(nèi)。
民國(guó)三十四年（1945年），國(guó)民黨進(jìn)駐歸綏，厚和市改稱為歸綏市，恢復(fù)歸綏縣，與市割界分治，當(dāng)時(shí)歸綏市市區(qū)原6個(gè)鎮(zhèn)改為6個(gè)區(qū)，舊城有4個(gè)區(qū)，今回民區(qū)為第一區(qū)范圍內(nèi)。
民國(guó)三十八年（1949年）9月，綏遠(yuǎn)和平解放后，歸綏市區(qū)仍設(shè)6個(gè)區(qū)，今回民區(qū)在第一區(qū)境內(nèi)。
1950年2月，歸綏市在調(diào)整區(qū)劃時(shí)，將回民聚居區(qū)域劃入歸綏市第一區(qū)公所轄區(qū)。
同年12月28日，撤銷歸綏市第一區(qū)公所，成立歸綏市回民自治區(qū)。
1955年12月，經(jīng)自治區(qū)人民政府批準(zhǔn)，撤銷回民自治區(qū)，改稱呼和浩特市回民區(qū)。
1956年11月，呼和浩特市人民委員會(huì)決定，撤銷慶凱區(qū)時(shí)，將其一部分區(qū)域劃歸回民區(qū)。
1961年，新城區(qū)管轄的錫林郭勒北路以西部分地區(qū)劃歸回民區(qū)。
1967年，將回民區(qū)更名為“紅旗區(qū)”，并成立紅旗區(qū)革命委員會(huì)。
1978年10月，恢復(fù)回民區(qū)。
1980年，召開回民區(qū)第八屆人民代表大會(huì)，選舉產(chǎn)生回民區(qū)人大常委會(huì)和人民政府。
1999年7月1日，呼和浩特市調(diào)整市轄區(qū)行政區(qū)劃，把原郊區(qū)的攸攸板鄉(xiāng)和西菜園鄉(xiāng)9個(gè)行政村劃歸回民區(qū)，統(tǒng)稱攸攸板鄉(xiāng)。