民國(guó)二十七年（1938年），偽滿(mǎn)洲國(guó)設(shè)立紅旗村，鄉(xiāng)鎮(zhèn)級(jí)建制，屬鳳城縣。
民國(guó)三十四年（1945年），中共鳳城縣委設(shè)紅旗區(qū)，屬孤山縣。
民國(guó)三十五年（1946年），國(guó)民黨軍占領(lǐng)鳳城縣，改設(shè)紅旗鄉(xiāng)，鄉(xiāng)下設(shè)保（村級(jí)建制）。
民國(guó)三十六年（1947年）6月，東北民主聯(lián)軍解放鳳城。
民國(guó)三十八年（1949年）6月，撤銷(xiāo)孤山縣，紅旗區(qū)劃歸鳳城縣。
1951年2月，十六區(qū)（紅旗）、十八區(qū)（藍(lán)旗）、五區(qū)（白旗）合并為第二區(qū)。
1958年3月，撤銷(xiāo)紅旗區(qū)（第二區(qū)），分設(shè)紅旗、藍(lán)旗、楊木3個(gè)鄉(xiāng)。
1958年9月，撤銷(xiāo)紅旗、藍(lán)旗、楊木3個(gè)鄉(xiāng)，組建紅旗公社。
1961年7月，原藍(lán)旗鄉(xiāng)、楊木鄉(xiāng)轄地析出另行組建藍(lán)旗、楊木公社。
1983年9月，撤銷(xiāo)紅旗公社，設(shè)立紅旗鄉(xiāng)。
1985年8月，撤銷(xiāo)紅旗鄉(xiāng)，設(shè)立紅旗鎮(zhèn)。
2002年3月4日，撤銷(xiāo)玉龍鎮(zhèn)，將原玉龍鎮(zhèn)臺(tái)溝村劃入紅旗鎮(zhèn)。