夏、商時(shí)屬揚(yáng)州西域，周時(shí)屬吳、越、楚地。
秦始皇帝二十六年（前221）設(shè)廬陵縣，隸屬九江郡。
西漢高帝五年（前202），屬豫章郡。
東漢建安四年（199），為高昌縣地域，隸屬廬陵郡，南朝梁天監(jiān)元年（502）為石陽縣地。
隋開皇十年（590），改廬陵郡為吉州，新建州城于今市區(qū)趙公塘一帶，境內(nèi)屬廬陵縣，為吉州首府。
唐永淳元年（682），廢趙公塘舊城，新建州城于今市區(qū)北門街道轄區(qū)內(nèi)，并將廬陵縣治從石陽古城遷入。
天寶元年（742），改吉州為廬陵郡。
乾元元年（758），復(fù)改廬陵為吉州。
北宋開寶八年（975）屬吉州廬陵郡兼軍事。
元至元十四年（1277）屬吉州路總管府，皇慶元年（1312）屬吉安路，至正二十二年（1362）屬吉安府。
1914年，廬陵縣改名為吉安縣，屬廬陵道；1928年5月，成立吉安市政府，直屬江西��；10月，改設(shè)吉安市政局；1929年3月，撤銷市政局，恢復(fù)吉安縣；1932年，屬第九行政區(qū)；1934年，屬第三行政區(qū)。
1949年6月30日，成立吉安分區(qū)，7月28日，析吉安縣石陽鎮(zhèn)及近郊，成立吉安市，轄城東、城南、城西、城北4個(gè)區(qū)，下設(shè)39個(gè)街公所、450個(gè)居民閭，隸屬吉安分區(qū)。
1958年11月，吉安市和吉安縣合并設(shè)吉安市。
1959年6月，吉安市、吉安縣分設(shè)，原吉安縣所轄人民公社復(fù)歸吉安縣。
2000年5月11日，撤銷縣級吉安市，設(shè)縣級吉州區(qū)，沿用至今。