石腦原屬建成縣的管轄范圍。
唐武德五年（622）建成縣改名高安縣，石腦屬高安縣管轄。
1949年前屬七區(qū)。
1951年5月調(diào)整鄉(xiāng)的范圍，屬十一區(qū)。
1957年2月，屬石腦、連錦鄉(xiāng)。
1957年10月至1958年7月，石腦鄉(xiāng)與連錦鄉(xiāng)合并為石腦鄉(xiāng)。
1958年8月，實行人民公社建制，與龍?zhí)多l(xiāng)合并成立衛(wèi)星公社。
1961年6月，設(shè)區(qū)劃社，屬石腦區(qū)，成立石腦、溪橋、丁家公社。
1964年4月，撤區(qū)擴社并隊，將丁家大隊、菜田大隊、望城大隊等劃入石腦公社。
1968年5月縮減公社，龍?zhí)豆绮⑷胧X公社，仍屬石腦公社。
1972年11月調(diào)整公社規(guī)模，龍?zhí)豆绶殖�，�?fù)名石腦公社。
1984年3月，改公社為鄉(xiāng)，改名石腦鄉(xiāng)。
1994年8月，撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)，設(shè)立石腦鎮(zhèn)至今。