明初已形成街市，即稱岔廟。
清代中期，街西頭又有吳姓地主興集，稱吳集。
清末，岔廟、吳集合稱岔廟街。
清代即建有岔廟鎮(zhèn)。
民國(guó)初岔廟鎮(zhèn)屬金岔市，民國(guó)18年（1929）屬第四區(qū)，民國(guó)23年后屬第三區(qū)。
漣水縣抗日民主政府于民國(guó)31年8月建岔廟區(qū)，1956年2月撤銷，分屬高溝、灰墩、王集三區(qū)。
1957年12月，撤區(qū)并鄉(xiāng)時(shí)由洪濱、岔廟鄉(xiāng)和惠民、金圩鄉(xiāng)的部分組成岔廟鄉(xiāng)。
1958年9月，成立岔廟公社。
1967年改名為紅星公社，1981年10月恢復(fù)岔廟公社。
1983年6月改稱岔廟鄉(xiāng)。
2000年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，與河網(wǎng)鄉(xiāng)合并為岔廟鎮(zhèn)。
2002年，原河網(wǎng)鄉(xiāng)從岔廟鎮(zhèn)劃出。
2001年實(shí)行并村聯(lián)組，2013年大興村劃歸高溝鎮(zhèn)，現(xiàn)全鎮(zhèn)有1個(gè)居委會(huì)，16個(gè)村，91個(gè)村民小組，有11403戶。