清朝康熙年間屬花米村。
清同治五年屬王二保，歸西鄉(xiāng)管轄。
民國期間屬大峽鄉(xiāng)第五保。
1948年稱花園村，1951年推行土改，稱花園鄉(xiāng)，1955年推行合作化，稱花果農業(yè)合作社，屬鮑峽區(qū)管轄。
1958年人民公社化，改名為花園大隊，屬紅旗人民公社管轄。
1961年，花園大隊屬鮑峽區(qū)管轄。
1975年撤區(qū)并社，花園大隊屬鮑峽人民公社管轄。
1981年，更名為小花果大隊，屬鮑峽人民公社管轄。
1984年撤社并區(qū)，撤隊改村，為小花果村，屬鮑峽區(qū)姚家鄉(xiāng)管轄。
1987年撤區(qū)建鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），小花果村屬鮑峽鎮(zhèn)小花果管理區(qū)管轄。
2001年行政體制改革，小花果村屬鮑峽鎮(zhèn)管轄至今。