古屬蠻夷國，周初（公元前841年）為巴子國地，后為夔子國地，戰(zhàn)國時（公元前475）屬楚巫郡地，秦（公元前221）屬黔中郡，西漢高祖元年（公元前206）屬武陵郡，東漢建武元年（公元25年）并屬南郡，三國兩晉魏文帝黃初元年（220）至?xí)x武帝太康二年（281）屬建平郡，南朝宋武帝永初元年（420）、齊、梁屬宜都郡，北周屬烏飛縣，隋文帝開皇十年（590）屬清化郡開夷縣，唐高祖武德元年（618）至乾寧二年（895）屬黔中道清江縣，五代后梁開平元年（907）為羈縻感化州，宋初太祖建隆元年（960）屬富州地，中屬柔遠州，初名懿州，后改為安定州。
元世祖至元十六年（1279）屬土司分治，屬金峒安撫司，明太祖洪武元年（1368）、明萬歷十年（1582）屬施州衛(wèi)，清順治元年（1644）屬金峒安撫司、清雍正十三年（1735）改土歸流置咸豐縣名。
清道光十七年（1837），全縣編戶8里，小村屬禮忠里，禮忠里轄小村、大村、李子溪，中心場、燕子嵌。
民國初年（1912年），因軍閥混戰(zhàn)，地方鄉(xiāng)坤，練團保境，設(shè)團防局，全縣共設(shè)36團，縣設(shè)保衛(wèi)團總公所。
小村鄉(xiāng)境內(nèi)設(shè)大村、小村、李子溪三個團防局，小村村屬小村團防局（31團）。
1933年（民國二十二年），廢團防局，成立4個區(qū)，小村屬第三區(qū)，區(qū)公所設(shè)清水塘，下設(shè)保、甲，第三區(qū)共58保，580甲，設(shè)保董和保長，保轄區(qū)范圍與今村委會大致相同。
甲設(shè)甲長，范圍與人口和現(xiàn)今的村民小組大致相當(dāng)。
1941年（民國三十年）9月，咸豐縣撤一（丁寨）二（尖山寺）兩區(qū)，保留清水塘區(qū)署，同時將19個聯(lián)保199保1808甲劃成15個鄉(xiāng)鎮(zhèn)，小村村屬三合鄉(xiāng)，三合鄉(xiāng)轄大村、小村、李子溪、中心場，鄉(xiāng)公所設(shè)在小村。
新中國成立后，1950年按行政區(qū)域劃分隸屬第五區(qū)的三合鄉(xiāng)，鄉(xiāng)政府駐地鐘塘，1958年10月，全縣劃分為11個人民公社，小村為紅光公社，公社管委會駐地小村，11月以地名稱將紅光公社更名為小村公社，管委會駐地小村。
小村公社下轄小村、大村、中心場、李子溪四個管理區(qū)小村村屬小村管理區(qū)。
1961年6月全縣撤消8個大公社，設(shè)立區(qū)，小村區(qū)下轄小村、大村、中心場、李子溪4個人民公社以及生產(chǎn)大隊和生產(chǎn)隊。
小村村屬小村公社，1975年撤小村區(qū)更名為小村公社，1981年全國第一次地名普查進行標準化處理時，定名為先鋒生產(chǎn)大隊，1984年撤銷小村公社恢復(fù)為小村區(qū)公所，先鋒大隊更名為小村村，屬小村鎮(zhèn)。
1996年屬小村鄉(xiāng)，2002年將土地村和小村村村合并為小村村，2008年行政區(qū)劃又將小村村和土地溪村分開，沿用至今。