明、清時期隸屬于安樂鄉(xiāng)。
民國時期隸屬于第一區(qū)。
1930年4月至12月紅色政權(quán)期間隸屬于復(fù)興區(qū)。
抗戰(zhàn)時期隸屬于梅川區(qū)。
1943年復(fù)屬于安樂鄉(xiāng)。
1952年隸屬于第九區(qū)。
1958年9月成立呂興祖大隊，隸屬于紅星公社。
同年12月隸屬于梅川公社。
1961年隸屬于梅川區(qū)。
1975年隸屬于兩路公社。
1984年全縣開展調(diào)整區(qū)、鄉(xiāng)、鎮(zhèn)設(shè)置工作，調(diào)整為呂興祖村，隸屬于梅川區(qū)。
1987年隸屬于兩路鄉(xiāng)。
2000年橫崗鄉(xiāng)、南泉鄉(xiāng)、兩路鄉(xiāng)、梅川鎮(zhèn)合并為梅川鎮(zhèn)，隸屬于梅川鎮(zhèn)，沿用至今。