五棵樹村由原來的五棵樹村、葉家大塆村合并而成。
原五棵樹村，1956年為宋埠區(qū)大塘角鄉(xiāng)泉源六社，1961年為宋埠區(qū)大塘角公社六大隊(duì)，1975年為宋埠區(qū)大塘角公社六大隊(duì)，1984年為歧亭鎮(zhèn)五棵樹村，2015年底歧亭鎮(zhèn)行政區(qū)劃調(diào)整，與葉家大塆村合并為五棵樹村至今。
原葉家大塆村1956年為宋埠區(qū)大塘角鄉(xiāng)西峰社、泉源七社，1961年為宋埠區(qū)大塘角公社七大隊(duì)，1975年為宋埠區(qū)大塘角公社七大隊(duì)，1984年為葉家大塆村，2015年底歧亭鎮(zhèn)行政區(qū)劃調(diào)整，與五棵樹村合并為五棵樹村至今。