原三屋畈村，1956年為閻河區(qū)周家沖鄉(xiāng)紅星二社，1958年為龜山茶場(chǎng)磨子山分場(chǎng)三中隊(duì)，1960年為龜山茶場(chǎng)三八分場(chǎng)三大隊(duì)，1965年為龜山區(qū)熊家鋪公社三大隊(duì)，1967年為龜山茶場(chǎng)磨子山六大隊(duì)，1975年為龜山茶場(chǎng)三屋畈大隊(duì)，1984年為熊家鋪區(qū)邊店鄉(xiāng)三屋畈村，1987年為熊家鋪鄉(xiāng)三屋畈村，2001年熊家鋪鄉(xiāng)并入龜山鄉(xiāng)為龜山鄉(xiāng)三屋畈村，2009年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)為龜山鎮(zhèn)三屋畈村。
原邊店村，1956年為閻河區(qū)周家沖鄉(xiāng)紅星三、四、五社，1958年為龜山茶場(chǎng)周家沖三、四、五中隊(duì)，1964年為龜山區(qū)熊家鋪公社二大隊(duì)，1967年為龜山茶場(chǎng)月形塘分場(chǎng)二大隊(duì)，1975年為龜山茶場(chǎng)月形塘分場(chǎng)邊店大隊(duì)，1984年為熊家鋪區(qū)邊店鄉(xiāng)邊店村，1987年為熊家鋪鄉(xiāng)邊店村，2001年熊家鋪鄉(xiāng)并入龜山鄉(xiāng)為龜山鄉(xiāng)邊店村，2009年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)為龜山鎮(zhèn)邊店村。
2015年末行政區(qū)劃調(diào)整，三屋畈村、邊店村合并為現(xiàn)在的邊店村，屬麻城市龜山鎮(zhèn)管轄至今。