清康熙年間，凌姓到此，遂有其名，隸屬四川夔州府建始縣坊廓里；乾隆元年（1736），隸屬湖北布政司施南府建始縣大安里三甲；同治五年（1866），隸屬施南府建始縣東鄉(xiāng)大安里。
民國七年（1918），隸屬湖北荊南道建始縣“義”字區(qū)三里壩鄉(xiāng)；民國二十五（1936），隸屬建始縣二區(qū)署三里壩聯(lián)保；民國三十二年（1943），隸屬建始縣茅田區(qū)三里鄉(xiāng)。
1950年廢除保甲制，建立凌家溝村，屬三里區(qū)落水鄉(xiāng)管轄；1951年，屬紅石區(qū)落水鄉(xiāng)管轄；1953年，屬第七區(qū)（紅石區(qū)）落水鄉(xiāng)管轄；1958年公社化，屬和平公社落水管理區(qū)管轄，命名為合心大隊；1961年恢復(fù)區(qū)建制，屬三里區(qū)落水公社管轄；1975年撤區(qū)并社，為紅巖公社合心大隊；1982年更名為紅巖公社凌家溝大隊；1984撤社建區(qū)鄉(xiāng)，屬三里區(qū)落水鄉(xiāng)管轄，更名為凌家溝村；1989年底劃歸紅巖寺鎮(zhèn)管轄；1996年撤區(qū)建鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），屬落水管理區(qū)管轄；2011年撤并調(diào)整，更名為凌家溝村村民委員會至今。