明正德年間，隸屬四川布政司虁州府建始縣市廓里；清康熙二十年（1681），隸屬建始縣坊廓里；乾隆元年（1736），隸屬湖北布政司施南府建始縣坊廓里一甲；同治元年（1862），隸屬建始縣北鄉(xiāng)坊廓里一甲。
民國七年（1918），隸屬湖北荊南道建始縣“恭”字區(qū)三寶鄉(xiāng)；民國二十五年（1936），隸屬湖北第七行政督察區(qū)建始縣一區(qū)署長(zhǎng)梁聯(lián)保；民國三十年（1943），隸屬建始縣茅田區(qū)中正鄉(xiāng)。
1950年，廢除保甲制，屬茅田區(qū)，同年5月，屬長(zhǎng)梁區(qū)三寶鄉(xiāng)，名為馬子峽村；1958年，人民公社化，屬桂花公社三寶管理區(qū)，更名為前進(jìn)大隊(duì)；1961年，恢復(fù)區(qū)建制，屬長(zhǎng)梁區(qū)三寶公社；1975年，撤區(qū)并社，屬長(zhǎng)梁公社三寶管理區(qū)；1984年，撤區(qū)建區(qū)（鄉(xiāng)），屬長(zhǎng)梁區(qū)三寶鄉(xiāng)，更名為馬子峽村；1996年，撤區(qū)建鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），屬長(zhǎng)梁鄉(xiāng)三寶管理區(qū)；2001年，撤并調(diào)整，屬長(zhǎng)梁鄉(xiāng)三寶辦事處；2011年，調(diào)整建制，更名為馬子峽村村民委員會(huì)；2017年鄉(xiāng)改鎮(zhèn)，屬長(zhǎng)梁鎮(zhèn)至今。