原聶店村：明朝嘉靖年間屬惠化鄉(xiāng)；清朝康熙年間屬惠化鄉(xiāng)；民國時期屬肖店鄉(xiāng)；1949年屬大邦區(qū)；1955年屬余店區(qū)興隆鄉(xiāng)興隆2社；1958年成立人民公社，為興隆3大隊，屬七一公社興隆管理區(qū)；1959年為興隆3大隊，屬余店公社興隆管理區(qū)；1961年時設(shè)區(qū)建制，為興隆3大隊，屬余店區(qū)肖店公社；1974年為聶店大隊，屬余店區(qū)肖店公社；1975年撤區(qū)并社，為聶店大隊，屬興隆公社；1983年底設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，為聶店村，屬關(guān)廟區(qū)（西）肖店鄉(xiāng)；1987年撤區(qū)并鄉(xiāng)，為聶店村，屬長嶺鎮(zhèn)；1990年為聶店村，屬關(guān)廟鎮(zhèn)。
原蓮花村：明朝嘉靖年間屬惠化鄉(xiāng)；清朝康熙年間屬惠化鄉(xiāng)；民國時期屬太蓮鄉(xiāng)；1949年屬大邦區(qū)；1955年為興隆4社，屬余店區(qū)興隆鄉(xiāng)；1958年成立人民公社，為興隆4大隊，屬七一公社興隆管理區(qū)；1959年為興隆4大隊，屬余店公社興隆管理區(qū)；1961年設(shè)區(qū)建制，為興隆4大隊，屬余店區(qū)肖店公社；1974年為蓮花山大隊，屬余店區(qū)肖店公社；1975年撤區(qū)并社，為蓮花山大隊，屬興隆公社；1980年為蓮花山大隊，屬關(guān)廟公社肖店管理區(qū)；1983年底設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，為蓮花村，屬關(guān)廟區(qū)（西）肖店鄉(xiāng)；1987年撤區(qū)并鄉(xiāng)，為蓮花村，屬關(guān)廟鎮(zhèn)。
2004年撤村并村，聶店村與蓮花村合并為聶店村，屬關(guān)廟鎮(zhèn)至今。