秦漢時(shí)期，北方多戰(zhàn)亂、饑荒，河南、山西、山東、河北農(nóng)民南遷流往荊襄，荊襄流民沿漢江、堵河尋求生存之地，陸續(xù)定在于此地，開(kāi)山辟地，櫵采而食生存繁衍。
后居民在此開(kāi)始在此地農(nóng)耕，“插木為標(biāo)，挽草為記”，標(biāo)注自己開(kāi)墾的范圍；民國(guó)20年（1931年）賀龍率紅三軍來(lái)房縣，開(kāi)辟革命根據(jù)地后，三溪溝村隸屬下店二區(qū)蘇維埃政府管轄；民國(guó)21年（1932年）舊政權(quán)復(fù)辟，民國(guó)政府設(shè)立一區(qū)；民國(guó)23年，三溪溝村由一區(qū)管轄的軍店鎮(zhèn)管轄；1949年8月，房縣解放，三溪溝村由當(dāng)時(shí)軍店區(qū)管轄；1952年8月7日，三溪溝村隸屬二區(qū)管轄；1956年，三溪溝村隸屬軍店區(qū)管轄；1958年11月11日，根據(jù)中共中央關(guān)于建立農(nóng)村人民公社的決定，三溪溝村更名為三溪溝大隊(duì)，由軍店公社管轄；1964年底，三溪溝村屬軍店區(qū)管轄；1984年，成立三溪溝村村民委員會(huì)；2001年，燈草溝村并入三溪溝村；2006年，高山旗村并入三溪溝村，依舊沿用三溪溝村至今。