明朝末年形成自然村落，屬荊門縣管轄；清順治三年（1646）屬安陸府荊門州管轄；1912年屬襄陽道荊門縣管轄，同年廢除安陸府，屬湖北省第四行政督察區(qū)管轄；1932年屬湖北省第六行政督察區(qū)管轄；1936年4月屬遠(yuǎn)安縣蘇黃區(qū)管轄；1949年屬荊鐘宜縣栗東區(qū)管轄；1950年屬荊門縣栗溪（第十二區(qū)）關(guān)壇鄉(xiāng)管轄；1955年成立三元初級(jí)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社；1956年3月并入關(guān)廟高級(jí)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社，10月從關(guān)廟分出建三元高級(jí)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社，屬關(guān)壇鄉(xiāng)管轄；1958年設(shè)三元大隊(duì)，屬高峰人民公社管轄；1959年屬栗溪人民公社管轄；1961年恢復(fù)區(qū)建制，屬栗溪區(qū)管轄；1975年3月并入前進(jìn)大隊(duì)（現(xiàn)姚河村），屬姚河公社管轄；1978年10月從前進(jìn)大隊(duì)分出，仍稱三元大隊(duì)，屬栗溪公社管轄；1984年三元大隊(duì)更名為三元村村民委員會(huì)，屬栗溪區(qū)管轄；1986年4月與姚河村、匡坡村合并為姚河村，同年10月分出仍稱三元村，屬姚河鄉(xiāng)管轄；2001年姚河鄉(xiāng)撤歸栗溪鎮(zhèn)，屬栗溪鎮(zhèn)管轄至今。