明清至民國(guó)二十三年（1934年），南圣鎮(zhèn)轄區(qū)由南圣、同甲峒兩地組成。
南圣原叫指（志）瑪，屬陵水縣指（志）瑪弓。
同甲峒（包括毛祥），屬定安縣管轄。
民國(guó)二十四年（1935年）3月，兩地劃歸保亭縣，設(shè)置志瑪鄉(xiāng)；同年5月7日，保亭縣設(shè)立3個(gè)區(qū)、14個(gè)鄉(xiāng)，南圣鄉(xiāng)屬第一區(qū)管轄。
民國(guó)三十六年（1947年）7月，保亭縣設(shè)有南圣等14個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
民國(guó)三十七年（1948年）4月，保亭縣民主政府成立，南圣地區(qū)設(shè)文化鄉(xiāng)，屬保亭縣第三區(qū)管轄。
1950年6月，保亭縣管轄4個(gè)區(qū)、32個(gè)鄉(xiāng)。
南圣鄉(xiāng)屬保亭縣第三區(qū)管轄。
同年8月29日，保亭縣進(jìn)行區(qū)劃調(diào)整，撤銷區(qū)級(jí)政權(quán)，實(shí)行縣直接領(lǐng)導(dǎo)鄉(xiāng)的行政建置，全縣設(shè)文化鄉(xiāng)等13個(gè)大鄉(xiāng)。
同年12月31日，保亭縣撤銷13個(gè)大鄉(xiāng)，恢復(fù)區(qū)鄉(xiāng)建置，全縣設(shè)立5個(gè)區(qū)、56個(gè)鄉(xiāng)，文化鄉(xiāng)分出南圣鄉(xiāng)、同甲鄉(xiāng)，南圣鎮(zhèn)屬第四區(qū)管轄。
1951年5月，保亭縣行政區(qū)劃進(jìn)行調(diào)整，南圣鄉(xiāng)屬第三區(qū)管轄。
1953年6月，分出紅溝鄉(xiāng)。
1955年11月，保亭縣改數(shù)字命名為地名命區(qū)名稱，保三區(qū)改為通什區(qū)，南圣鄉(xiāng)、同甲鄉(xiāng)、紅溝鄉(xiāng)屬通什區(qū)管轄。
1956年12月24日，南圣鄉(xiāng)、紅溝鄉(xiāng)2個(gè)小鄉(xiāng)合并為南圣鄉(xiāng)。
1958年3月3日，南圣鄉(xiāng)、毛岸鄉(xiāng)、同甲鄉(xiāng)3個(gè)鄉(xiāng)合并為南圣鄉(xiāng)，駐地南圣村。
1958年9月，南圣鄉(xiāng)與通什鎮(zhèn)、福安干部農(nóng)場(chǎng)、福安示范場(chǎng)、國(guó)營(yíng)通什茶場(chǎng)合并，成立通什鎮(zhèn)紅旗人民公社。
同年12月，隸屬崖縣管轄。
1959年11月，隸屬保亭縣管轄。
1961年5月，劃出成立南圣人民公社。
1966年9月，劃出南圣公社管轄的毛岸，成立毛岸公社。
1983年，南圣人民公社改為南圣區(qū)公所。
1986年，劃歸通什市。
1987年1月，改稱南圣鎮(zhèn)。