早在宋代，博鰲就有疍家人居住和繁衍生息。
宋天圣元年（1023年），疍家人集資在博鰲建起三江廟，此時(shí)在此居住的疍家人已有一定數(shù)量和規(guī)模。
博鰲鎮(zhèn)因?yàn)I博鰲港而得名。
明初稱博鰲浦鄉(xiāng)，明末改稱博鰲鄉(xiāng)，居者為疍民。
清襲明制，沿稱至中華民國十八年（1929年）。
民國十九年（1930年），撤銷博鰲鄉(xiāng)，劃歸樂會(huì)縣首善鎮(zhèn)（民國三十六年改稱附城鎮(zhèn)）管轄。
1950年7月，博鰲屬樂會(huì)縣二區(qū)（樂城）管轄。
1955年6月，設(shè)立博鰲鄉(xiāng)，屬樂城區(qū)管轄。
1958年10月，撤銷博鰲鄉(xiāng)，劃歸朝陽公社管轄。
1958年12月1日，樂會(huì)、瓊東縣合并為瓊�？h。
1961年3月，從朝陽公社分出設(shè)立博鰲公社。
1983年9月，改稱博鰲區(qū)，下轄博鰲、東海、東嶼、田埇、珠聯(lián)、朝烈等6個(gè)鄉(xiāng)。
1987年，博鰲區(qū)改為博鰲鎮(zhèn)，下轄6個(gè)鄉(xiāng)改為6個(gè)行政村。
2003年，撤銷九曲江鄉(xiāng)的北山、北岸、沙美、培蘭等4個(gè)行政村與朝陽鄉(xiāng)、博鰲鎮(zhèn)合并，設(shè)立博鰲鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐地在原博鰲鎮(zhèn)。