1941年至1950年涌溪鄉(xiāng)設(shè)三保芽溪，1950年6月改保為村。
1953年4月，芽溪從涌溪鄉(xiāng)劃出，建立芽溪鄉(xiāng)公所。
轄芽溪、田壩、鼓樓坪3個(gè)村。
1958年改為芽溪生產(chǎn)大隊(duì)，隸屬芽溪公區(qū)。
1961年1月，撤銷芽溪工區(qū)，與涌溪工區(qū)合并為涌溪公社。
1963年，芽溪大隊(duì)，田壩大隊(duì)合并為芽溪大隊(duì)。
1984年9月芽溪大隊(duì)分為芽溪、田壩兩村。
2004年12月芽溪、田壩、鼓樓溪三個(gè)村合并為芽溪村，至2017年未改變。