2010年得名沿用至今。
1953年屬中心鄉(xiāng)，1956年本莊鄉(xiāng)，建新寨、柿坪高級(jí)社，1958年建云屯大隊(duì)，1985年更名云屯行政村。
2010年更為云屯村委會(huì)。
民國(guó)32年（1943年），石阡實(shí)行新縣制，廢除之前的的區(qū)級(jí)組織，設(shè)置鄉(xiāng)鎮(zhèn)保甲。
設(shè)立莊樂(lè)甲級(jí)鄉(xiāng)。
1950年2月行政區(qū)劃調(diào)整，設(shè)立三個(gè)區(qū)18鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
隸屬三區(qū)。
1950年7月，改置3區(qū)為6區(qū)1鎮(zhèn)。
隸屬六區(qū)。
1953年，設(shè)立本莊區(qū)本莊鄉(xiāng)。
1958年，本莊鄉(xiāng)改稱(chēng)本莊公社；云屯村改稱(chēng)云屯大隊(duì)。
1984年，本莊公社改稱(chēng)本莊鎮(zhèn)；云屯大隊(duì)改稱(chēng)云屯村。
期間隸屬本莊區(qū)本莊鎮(zhèn)（公社）。
1992年“撤并建”，由本莊區(qū)的白龍鄉(xiāng)、本莊鎮(zhèn)、樂(lè)橋鄉(xiāng)、獅柳鄉(xiāng)合并，設(shè)置本莊鎮(zhèn)。
2003年全縣推進(jìn)“撤小村并大村”工作，云屯村并入山口坳村。
2010年，經(jīng)石阡縣人民政府石府復(fù)[2010]63號(hào)批準(zhǔn)，全鎮(zhèn)再次對(duì)行政村進(jìn)行調(diào)整，恢復(fù)云屯村。
2010年至今隸屬本莊鎮(zhèn)。