相傳距現(xiàn)木孔街2公里的坪上，有一棵千年無名古樹，參天聳立，古樹徑大心空，非常奇特，樹肚內(nèi)能擺放一張大方桌和四根板凳供人們棋牌娛樂，樹木古老“空”為“孔”，因此而得名“老木孔”。
明清時，此地又名“臨江場”，是烏江支流偏巖河畔的一個渡口。
1949年，置木孔鄉(xiāng)，因治所地在老木孔街上，去掉“老”字，取名“木孔”。
1953年，木孔鄉(xiāng)析設木孔鄉(xiāng)和灣子鄉(xiāng)。
1958年，實行人民公社制度，同時撤銷木孔鄉(xiāng)和灣子鄉(xiāng)，分別并入安底公社和沙土公社。
1962年，析建木孔公社、灣子公社。
1984年，木孔公社、灣子公社分別改為木孔鄉(xiāng)、灣子鄉(xiāng)。
1992年，撤銷沙土區(qū)的灣子鄉(xiāng)、安底區(qū)的木孔鄉(xiāng)，合并新建為木孔鄉(xiāng)。
2016年1月29日，貴州省人民政府批復同意撤銷木孔鄉(xiāng)建制，設置木孔鎮(zhèn)。
撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)后行政區(qū)域和政府駐地不變。