解放前，南門村隸屬遵義縣洗馬鎮(zhèn)石字保。
解放初期未建南門村，隸屬遵義縣豐樂鎮(zhèn)顏村鄉(xiāng)蘭家村，1950年9月至1952年7月，蘭家村劃歸遵義市管轄，南門隸屬蘭家村。
1952年7月建遵義市南關鄉(xiāng)政府，至1955年8月，南門隸屬蘭家村。
1955年8月至1958年8月建立幸福莊高級社，南門隸屬幸福人民公社管理委員會，蘭家村改為蘭村大隊，南門歸蘭村大隊管轄。
1959年3月至1961年9月，幸福莊公社與豐樂公社合并為“遵義市豐樂公社”，公社下設南關管理區(qū)時南門師專農場實行“以廠帶社”，1960年回歸原建置，南門仍屬南關管理區(qū)蘭村大隊。
1961年8月，政區(qū)調整，南門大隊建立。
至1984年4月，人民公社管理委員會改稱鄉(xiāng)人民政府，南門大隊改稱南關鄉(xiāng)南門村。
1993年4月，鄉(xiāng)改稱鎮(zhèn)，南門村改稱南關鎮(zhèn)南門村委會。
2016年6月，撤南關鎮(zhèn)設南關街道辦事處。