民國時期，實行新憲制，改區(qū)、聯(lián)保為鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），隸屬板壩鄉(xiāng)；1958年，建立巧洞生產(chǎn)大隊，成立巧洞生產(chǎn)大隊管理委員會，隸屬巧馬區(qū)巧馬公社；1984年，冊亨縣行政區(qū)劃變動，巧洞生產(chǎn)大隊管理委員會更名為巧洞村民委員會，隸屬巧馬鄉(xiāng)；1991年，實行建鎮(zhèn)并鄉(xiāng)撤區(qū)，巴金鄉(xiāng)、板街鄉(xiāng)、板其鄉(xiāng)和巧馬鄉(xiāng)的巧洞村合并為丫他鎮(zhèn)，巧洞村委會隸屬丫他鎮(zhèn)；1998年，巧洞村委會隸屬丫他鎮(zhèn)；2007年，實行村級整合，巧洞村委會隸屬丫他鎮(zhèn)；2016年，實行鄉(xiāng)鎮(zhèn)區(qū)劃調(diào)整，巧洞村委會隸屬丫他鎮(zhèn)。