明清時(shí)期屬海宴都。
民國(guó)至建國(guó)初期稱第十區(qū)，1956年為深井鄉(xiāng)，1958年改深井公社，1961年析置那扶公社。
1984年改深井區(qū)、那扶區(qū)，1986年分別撤區(qū)建深井鎮(zhèn)、那扶鎮(zhèn)。
1996年，深井鎮(zhèn)面積148.5平方千米，人口3.6萬(wàn)人，鎮(zhèn)政府駐深井圩，距臺(tái)城71千米，轄深井圩、田洞、嶺背、金坑、坪朗、河西、大斜、蜆灘、牛圍、大東坑、井東、康華、下斗、山蕉坑、高洞、瀨山、馬頭、江東、東頭、灣肚、新江、小江、湖山、官?zèng)_24個(gè)管理區(qū)（行政村）；那扶鎮(zhèn)面積86.4平方千米，人口2.7萬(wàn)人，鎮(zhèn)政府駐那扶圩，距臺(tái)城60千，轄藍(lán)田、那北、馬山圍、橫墩、沙潮、那中、汶水、龍崗、東星、那南、洪壩、大洞、長(zhǎng)江、沙溪、泗門(mén)、蝦尾、一聯(lián)、將軍山、居民19個(gè)管理區(qū)（行政村）。
2001年，將原隆文鎮(zhèn)部分行政區(qū)域并入深井鎮(zhèn)。
深井鎮(zhèn)面積171.4平方千米，人口4萬(wàn)人，轄深井圩居委會(huì)和江東、河西、井東、井西、獺山、河?xùn)|、小江、康華8個(gè)行政村；那扶鎮(zhèn)面積143.9平方千米，人口2.6萬(wàn)人，轄9個(gè)村（居）委會(huì)，186個(gè)自然村。
2006年，撤銷(xiāo)那扶鎮(zhèn)，并入深井鎮(zhèn)。