東晉成帝咸和六年（公元331年），從南海郡分東莞郡，轄寶安、興寧、海豐、安懷、海安、欣樂(lè)等6縣，郡治和寶安縣治同在南頭古城一帶。
南朝（公元479-502年），東官郡遷至安懷縣（今東莞境內(nèi)）寶安縣治仍在原東官郡城。
隋朝（公元581-618年），廢東官郡，復(fù)置南�？ぃ瑢毎部h（包括今東莞、珠海、港澳地區(qū)）改屬南�？す茌�，縣治仍設(shè)在原東官郡城。
唐朝至德二年（公元757年）歷時(shí)426年之久的寶安縣城也由行政中心轉(zhuǎn)為海上交通門(mén)戶和軍事要塞。
唐朝開(kāi)元二十四年（公元736年）設(shè)屯門(mén)鎮(zhèn)，鎮(zhèn)治設(shè)在南頭。
宋朝（公元960-1279年），南頭地區(qū)屬?gòu)V東廣州路總管府。
明朝洪武二十七年（公元1394年），在南頭設(shè)東莞守御千戶所城（即今天的南頭古城）明朝萬(wàn)歷元年（公元1573年），從東莞縣分部分地區(qū)立新安縣（轄今深圳、香港等地），縣名取“革故鼎新、轉(zhuǎn)危為安”之意。
縣治設(shè)在今南頭古城。
清朝順治-康熙年間，清政府為防反清將士鄭成功，下令東南沿海禁海遷界（禁止出海、向內(nèi)遷移界墻。
新安縣兩次共內(nèi)遷80里），新安縣被撤消，全縣人口僅剩北部山區(qū)2172戶。
南頭古城除城墻外，城內(nèi)房屋幾乎遭遇拆毀，其建筑材料用于修建屆墻。
清朝康熙八年（公元1669年）清政府在廣東巡撫王來(lái)仁德再三奏請(qǐng)下復(fù)置新安縣，縣治仍設(shè)在南頭古城。
民國(guó)三年（1913年），因新安縣名與河南省新南縣同名，故復(fù)名寶安縣，治所在南頭古城。
新中國(guó)成立后，1953年，寶安縣人民政府從南頭古城遷往深圳蔡屋圍。
2001年設(shè)立南頭城社區(qū)居委會(huì)，名稱沿用至今。